Нет не удалятся! Наверняка файлы предложенные виндовс для удаления вы использовать не будете 99%
P.S. Запустите утилиту и дождитесь пока она сконфигурирует файлы для удаления и удалит их строго после вашего разрешения!
(Этим я хотел сказать то, что после запуска утилита не сразу начинает очищать файлы)